清军的弱势，自然引起了毛文龙、卢象升两人的攻击欲望，他们都不理睬李岩的建议，即驻守辽阳以待后援，修建营口到辽阳的铁路，然后继续步步为营的向前进攻。
卢象升的部队倒还好，因为李岩代表着总参，卢象升即便想要不听李岩的建议，他也指挥不动手下的部队。倒是毛文龙的东江旧部，还留有许多旧封建习气，于是在毛文龙的命令下，偷偷向沈阳进攻，试图夺取平复辽东的首功。
耿仲明、孔有德为前锋，结果却在距离沈阳城20里处的浑河遇伏。耿仲明死，孔有德伤，东江军于是大溃，多铎、鳌拜驱东江败兵冲垮了毛文龙自带的中军，毛部随大败。李岩在柳条寨设伏，救下了毛文龙残部。不过黄台吉已经带着清军主力南下，将卢象升、毛文龙所部包围在了辽阳。
这一仗对于黄台吉来说，既是胜利也是失败。清军用尽了一切手段和资源，最终也没能把卢象升、毛文龙两部明军吃下来，反而丢失了辽河以西的土地和人口。而实力未损的卢象升所部所据守的辽阳，显然不是已经用尽了一切力气的清军能够攻下来的。
到了此时，黄台吉已然明白，满人的气数已尽。这场战争如果再打下去，满人要面对的敌人已经不仅是明军，还要加上蒙古诸部和东北各民族了。
黄台吉于是派人向崇祯求和，表示愿意将东北各地全部还给明国，自己自去汗位，只求赫图阿拉之旧地存身。
崇祯收到黄台吉的手信后大怒，称诸夏一体，中外一家，中华之土岂有满人之旧地。满人自去国号，忏悔前罪，天子尚可宽恕。否则，粉碎矣。至于辽阳之军，他自会带兵解之，不需黄台吉释之。
崇祯带大军出关直驱锦州；又令阿敏带蒙古诸军入辽东攻科尔沁草原，并逼迫科尔沁部向大明臣服；而周三畏则出兵辽河套，威胁沈阳西北。
明军大军云集辽东，将除了沈阳之外的地区一一征服，清军主力虽然围住了辽阳明军，但是明、蒙联军却又将整个沈阳包围了起来。清军将士开始恐惧动摇，当崇祯的天子旗飘扬在辽河边时，清军内部的蒙、汉士兵和民夫就开始出现逃亡的景象了。
黄台吉不得不解了辽阳之围，退回沈阳。不过这样一来，清军上下都已经明了，大清的灭亡已经是倒计时了，沈阳的城墙显然是挡不住明军的火炮的。
1643年9月，黄台吉返回沈阳的途中忧愤而死。9月15日，明军各路大军进抵沈阳城下。两日后，多尔衮携八旗亲贵及城中官吏出降。再三日后，各地还在抵抗的满人也放下了武器，辽东规复。
崇祯先迁满人亲贵于顺义，又散满八旗于内外蒙古及西域，留福临一支守卫努尔哈赤及黄台吉之墓，辽东方才算是安定了下来。之后，崇祯令多尔衮兄弟、豪格等人带着八旗亲贵及投满之汉人将官，前往北美大陆，许他们在落基山脉以东自建藩国。
