大多数人都认为这个川军团进入某个溶洞缺氧被困而亡。他们认为这些官兵可能躲进某处鲜为人知的巨大溶洞，后因敌机轰炸震塌洞口，致使全体人员窒息而死。青龙山地区有很多溶洞，至今尚有很多溶洞未被发现，还有很多溶洞当地政府准备开发旅游。20世纪70年代初，青龙山区的南京矿校学生和驻军建矿井、采煤，无意中发现几个洞穴里有几顶锈烂的军用钢盔、朽坏的步枪和几具骸骨，经逐级上报，领导苏南煤田开采工作的南京军区周副参谋长，特陪同来青龙山矿区视察的军区司令员许世友前往察看。一时，众说纷纭，莫衷一是。
84岁的刘宜槐老人回首往事，感慨万千：“可怜啊，那么多人死在地下！”
老人说，大概是1941年或1942年，“当时，我给汪精卫做警卫员。一次偶然机会，听军官向汪精卫报告，说中华门下面发现一条地道，里面有许多尸骨。汪精卫立即责令调查。几天后，有情况报上来，称这条地道通往紫金山下，又从紫金山通往东南方向。死尸大多集中在中华门到紫金山段，估计有好几千人。从旁边留下的枪支弹药和一些衣物看，判断死者为南京大屠杀期间的国民党士兵，死因为中毒，毒源来自日本鬼子。”
听完报告后，汪精卫还亲自率人去现场看过。地道是在中华门外的一个步兵学校发现的，入口很大，可以容两三人同时进入。汪精卫命令部队立即用卡车运土将地道填埋。“填埋我没有看到。听别的士兵说，地道很长，几十辆卡车运了三四天土也没有填埋完。”老人说。
南京炮兵学院费仲兴教授退休后，常住在离青龙山较近的汤山镇，进行南京大屠杀幸存者调查。
“我早就听说过军队失踪青龙山一事，起初根本不信。但通过这几年对南京大屠杀幸存者的调查，让我觉得此事有一定的可信度。”3年来，费仲兴教授共调查走访了八九十岁以上的老人350多名，其中大多数住在青龙山附近。费仲兴教授拿出调查来的史料分析说，“真实的情况可能是这样的：部队从紫金山向东突围，一直打到青龙山以东，没有弹药了，当官的开枪自杀，当兵的自行解散，各奔东西。”
另外有一些人提出了许多猜测和假想，比如他们认为这些人进入了地球上神秘的“黑洞”。
也有人认为这是“时空隧道”所致，一些学者认为，神秘失踪是正负两大物质体系产生引力场后，发生局部弯曲时产生的“湮灭”现象。
还有人认为这是“静电浮力”说，有学者认为，陨星在落向地球的过程中，可以产生高达10亿伏的电压。很多时候，陨星尚未落到地表就分崩离析了，只有巨大的能量波冲击地表，产生静电浮力。这种情况下，大群的人、船只甚至火车都有可能被吸浮到空中或转移到很远的地方。
